En 1542 Juan Rodríguez Cabrillo recorrió las costas de Baja California llegando días antes que a Ensenada al lugar que posteriormente llamarían San Quintín siendo el primer nombre registrado como el de Puerto de la Posesión. Durante el siglo XVII se establece en el valle la misión de Santo Domingo la misma que desaparece durante el siglo XIX. Fue precedida por la llegada de la compañía norteamericana Hanbury & Garvey, que por motivos de guerra civil en el país vecino decide vender a una compañía Inglesa que se denominó compañía mexicana de colonización fundamentada por la concesión de colonización firmada por el presidente Porfirio Díaz. Se funda el pueblo de san Quintín en 1887.
Los humedales de San Quintín es uno de los increíbles lugares que el viajero debe conocer durante su viaje por Baja California, además de Tijuana, la Ruta del Vino, La Rumorosa y Ensenada.Se extienden por más de 5,000 hectáreas en una enorme planicie, con una laguna y varios canales de anchura variable. Es uno de los dos humedales en la costa occidental de Baja California y, según los expertos, miles de años atrás la región estaba compuesta por más ecosistemas como este. He ahí uno de sus puntos a destacar, pues es de los últimos lugares de este tipo que sobrevive casi intacto